Algo no suena en tus especificaciones. Normalmente los discos SAS son de 10 o 15k, no de 7200 (esos son SATA). No creo que tengas SATA: eso no aguantaría los 320 agentes que mencionas.
Te recomiendo corras el mysqltuner.pl para que te sugiera optimizaciones, pero seguramente el mayor problema es el reciclado: no deberías tenerlo activo para esa cantidad de registros. Lo correcto sería acabarte tu lista, resetearla, y luego volverle a marcar a todos los registros que sean NA, B o cualquier estado que tengas que re-llamar.
Si buscas en el mysqlslowlog, seguramente verás los queries que hablan del reciclado. Eso suele ser el mayor problema con clientes a los que les pasa justamente lo que a ti.
Saludos.
